Het kerkje van Waterlandkerkje is sinds 2001 eigendom van de Stichting Oude Zeeuwse Kerken. Tijdens de zomer is de kerk enkele dagen 's middags opengesteld voor publiek. Regelmatig worden er ook kerkdiensten gehouden. Meer informatie hierover vindt u hier.

De eerste predikant, Ds. Johannes Stuerbaut – afkomstig uit Geraarsbergen – was oorspronkelijk touwslager van beroep. In 1658 trad hij in dienst van de protestantse gemeente rond de St. Nicolaas kerk. Deze kerk was gesticht in 1530 en lag in de Kleine Oudemans Polder op Nederlands grondgebied, een "eind weegs" voorbij Stroopuit (nabij de tegenwoordige buurtschap Goedleven vlakbij de Belgische grens). Tussen 1604 en 1654 was deze kerk een ruïne als gevolg van militaire inundaties (onder-water-zettingen), maar ook omdat soldaten en Zeeuwen op rooftocht het lood van het dak hadden geroofd.